Pengajian di madrasah ini terbahagi kepada dua aliran;

(1)Tahfiz .

(2)Ilmu islam dan bahasa arab (Pengajian kitab).

Keterangannya adalah seperti berikut:-

1. Aliran tahfiz (menghafal al-Quran).

Kriteria Pengambilan pelajar  kelas tahfiz

1. Warganegara Malaysia
2. Lelaki berumur diantara 10 hingga 15 tahun.
3. Khatam Alquran. Boleh membaca dengan baik.
4. Lulus ujian temuduga oleh penemuduga madrasah.
5. Ada kekosongan tempat tinggal (asrama).
6. Tinggal sepenuh masa di madrasah.
7. Tidak pernah belajar di mana mana madrasah sebelum ini.

Aliran ini terbahagi kepada empat peringkat :

• Nazirah
• Hafalan
• Ulangan
• Syahadah

I. Nazirah

Pembetulan bacaan dan tajwid  pelajar sebelum memasuki peringkat hafalan. Masa     yang diambil biasanya  enam bulan hingga  setahun.

II. Hafalan

Tertib  hafalan

1. Sabak (menghafalan hafalan yang  baru)
2. Para sabak (mengulangi  hafalan yang telah dihafal  sebulan lalu )
3. Mokhtar (mengulangi  hafalan lama)

• Masa yang yang diambil untuk menghafal keseluruhan Alquran biasanya 3 – 4 tahun.

III. Ulangan

Pelajar yang telah menghafal 30 juzuk dikehendaki mengulangi sebanyak : 3 juzuk, 5 juzuk ,7-8 juzuk, 10 juzuk, 15 juzuk dan sebanyak mungkin dalam  sehari sehinggalah 30 juzuk sehari sebelum memasuki peringkat syahadah.

IV. Syahadah (Keputusan tahap hafalan)

Untuk  ujian syahadah, pelajar hendaklah membaca di hadapan seorang guru dan dua              orang penyemak. Jumlah juzuk yang hendak dibaca adalah mengikut pilihan pelajar. Mereka boleh memilih untuk membaca  30 juzuk sehari , 15 juzuk dua hari , 10 juzuk tiga hari  atau 7/8 juzuk empat hari. Keputusan tahap hafalan mereka berdasarkan  banyak kesalahan bacaan didalam 30 juzuk Al Quran, keputusannya adalah   seperti jadual  dibawah ini : 

1. Mumtaz  (cemerlang )                  kesalahan    0 - 4
2. Jaiyid jiddan (sangat baik )         kesalahan    5 – 7
3. Jaiid ( baik )                                kesalahan    8 – 10
4. Maqbul  (lulus)                            kesalahan    11 -15
5. Rasib  (gagal )                             kesalahan   16  keatas

• Untuk pelajar yang gagal dalam ujian syahadah dikehendaki mengulangi ujiannya semula
• Pelajar yang telah berjaya di dalam ujian syahadah dianjurkan supaya mereka menyambung pelajaran di dalam aliran ilmu- ilmu Islam di madrasah ini sendiri atau di tempat–tempat yang menjadi pilihan mereka.     
• Di samping itu para pelajar aliran ini juga ada mengikuti kelas pengajian fardu ain, ilmu tajwid, dan adab pada setiap hari Ahad – Khamis  selama 30 minit bermula jam 11.30 pagi  hingga 12.00 tgh hari.

2. Aliran ilmu islam dan bahasa arab

Bahagian Pengajian Ilmu Islam dan Bahasa Arab di Madrasah Tahfizul Quran Penanti menyediakan sistem pengajian Islam tradisional Nusantara digabungkan dengan corak pengajian hadis Deobandi. Kitab-kitap pelajaran yang biasa digunakan di seluruh negara-negara Islam seperti  Mesir, Yaman dan negara-negara Asia Tenggara. Hadis Sistem Deobandi ialah pengajian yang kitab-kitabnya terdiri daripada Misykatul Masabih dan Kutub Sittab (Kitab Hadis Yang Enam) termasuk Muwatta Imam Malik dan Syamail Muhammadiah Imam Tirmizi. Pengajian Deobandi diasaskan di India.

Kriteria Pengambilan pelajar kelas kitab

1. Warganegara Malaysia
2. Lelaki berumur diantara 13 hingga 17 tahun.
3. Boleh membaca al-quran dengan baik.
4. Boleh menulis dan membaca jawi.
5. Lulus ujian temuduga oleh penemuduga madrasah.
6. Ada kekosongan tempat tinggal (asrama).
7. Tinggal sepenuh masa di madrasah.

Pengajian ini terbahagi kepada dua peringkat :

• Senawi (kelas satu hingga empat)
• Aliah (kelas lima hingga lapan)

1.Senawi

Pada peringkat ini pelajar-pelajar di ajar ilmu fekah untuk untuk memperbaiki  dan membetulkan ibadah ,mua`malah  dan mua`syarah mereka. Mereka juga diajar ilmu –ilmu bahasa arab, nahu dan sorof, sehingga mereka boleh membaca kitab-kitab arab yang tidak berbaris, serta pelajaran  insyak dan muthola`h  a`rabiah sehingga mampu untuk menterjemah, membuat ayat-ayat dan karangan dalam bahasa arab. Bermula dari kelas dua  hingga kelas empat terjemahan al –quran tanpa tafsir  diajar kepada mereka sebagai persediaan untuk pelajaran tafsir di peringkat a`liah. Pelajar-pelajar di dalam kelas ini juga di dedahkan dengan hadis–hadis nabawi untuk dihafal dan diamalkan dalam kehidupan harian.  

2. A`liah

Pada peringkat ini pelajar diajar ilmu fekah secara mendalam beserta dalil-dalil, hujjah-hujjah  dan khilafiah diantara mazhab –mazhab. Kitab tafsir digunakan pada peringkat ini. Pelajar juga di dedahkan dengan pelajaran usul tafsir untuk memantapkan lagi pelajaran tafsir mereka. Di dalam bidang hadis pelajar di ajar ilmu mustalah hadis dan pengajaran hadis bermula daripada kitab miskatul masobih hingga kepada sunnah sittah yakni kitab – kitab hadis sohih yang enam yang menjadi rujukan alim-ulama dan ummat islam di dalam  menghayati  sunnah rasulullah sallah a`laihi wa sallam. Dalam ilmu arab pelajar  mempelajari ilmu balag`ah, mantik dan sastera arab untuk memahami kalam –kalam arab dengan lebih mendalam. 

• Pelajar aliran ini menduduki dua peperiksaan setahun iaitu peperiksaan pertengahan tahun dan akhir tahun. Peperiksaan akhir tahun untuk menentukan kenaikan kelas pelajar  pada tahun seterusnya. Pelajar yang gagal dikehendaki mengulangi kelas yang sama sehingga lulus dalam peperiksaan akhir tahun.
• Pada setiap minggu pelajar diwajibkan menyertai haflah bahasa arab dan menyampaikan syarahan secara bergilir-gilir.

MATA-MATA PELAJARAN UTAMA DAN NAMA KITAB

MATA PELAJARAN LAIN

Mata-mata pelajaran lain ialah: Usul Tafsir, Tajwid, Mustalah Hadis, Qawaid Fiqhiyyah, Usul Feqah, Sorof, Balaghah, Mantiq, Arud, Sirah, Falak dan Insyak.